Начавшаяся Великая Отечественная война наложила свой суро​вый отпечаток на жизнь института. В первые дни войны доброволь​цами ушли на фронт 24 студента и преподавателя.

В сентябре все студенты педагогического института направляются на уборку урожая, в но​ябре-декабре – на строительство оборонительных укреплений вокруг Пензы. Из 420 студентов обоих институтов к занятиям смогли при​ступить только 150 человек. Многие были призваны в армию, другие стали работать в госпиталях, на промышленных предприятиях, в кол​хозах и совхозах.

В сложном 1941 году занятия начались только с 20 декабря и проходили в исключительно тяжелых условиях. В ноябре 1941 г. ре​шением Пензенского облисполкома учебный корпус и столовая ин​ститута были переданы горздравотделу под отделение инфекционной боль​ницы. Военным организациям была передана большая часть студен​ческого общежития и часть институтского имущества. Учебные заня​тия временно стали проводиться в здании фармшколы во вторую смену. Здание не освещалось и не отапливалось.

От зимних каникул пришлось отказаться. Учебный год продолжался до 1 июля, экзаменационная сессия – до 1 августа 1942 года. При подведении итогов первого года работы на Ученом Совете института 21 июля 1942 г. было отмечено резкое сокращение контингента студентов. Только в ряды Красной Армии было призвано более 40 человек. Несколько студен​тов-историков было направлено на комсомольскую работу, в политот​делы МТС. Многие студенты вынуждены были прервать учебу из-за тяжелого материального положения и болезней. Из 420 студентов, числившихся в институте на начало 1941/42 учебного года, к концу его осталось только 110 человек. Труднейшие условия существования вуза сказались не только на сокращении контингента, но и на каче​стве знаний.

Не хватало учебников и пособий. Частое от​сутствие электроэнергии затрудняло работу читального зала. С боль​шой перегрузкой работала столовая. На получение обеда студенты тратили массу времени, что сказывалось на посещаемости и подго​товке к занятиям. Институту лишь частично вернули здание общежи​тия. Его верхний этаж был рассчитан на 80 человек, проживало же там 150, а нуждалось в общежитии 350 человек. Общежитие не име​ло элементарных бытовых удобств.

В 1941-1942 гг. в Пензенскую область было эвакуировано около 50-ти промышленных предприятий, в том числе 13 машиностроительных заводов, прибывших из Москвы, Ленинграда, Орла, Курска, Калинина, из Украины и Белоруссии34. Война самым решительным образом вмешалась в размеренную жизнь российской глубинки, в одночасье превратив регион из аграрного в индустриальный. Из угрожаемых районов эвакуировали не только предприятия, но и учебные заведения. Волею судеб часть сотрудников и студентов Одесского индустриального института (основан в 1918 г.) оказались в Пензе. С 1 октября 1943 г. институт возобновил свою работу в нашем городе. Однако случайным рождение нового вуза назвать нельзя: эвакуационную комиссию «убедил» направить Одесский индустриальный институт в Пензу нарком минометного вооружения СССР П. И. Паршин, уроженец Пензенской области. Петр Иванович обратился и в Пензенский обком ВКП (б) с просьбой поддержать инициативу об открытии в областном центре инженерного вуза. Постановление бюро ОК ВКП (б) об организации в Пензе технологического института в составе трех факультетов: строительного, механического и технологического было принято уже в феврале 1943 г.

Спустя всего год в освобожденной Одессе индустриальный институт возобновил свою деятельность, но к этому времени в местах эвакуации коллектива (в Пензе и Челябинске) был заложен прочный фундамент высшего технического образования.

Для размещения института в городе была выделена часть здания строительного техникума по ул. Володарского. Во второй части этого здания в то время размещалась эвакуированная из Москвы в Пензу часть Наркомата минометного вооружения. Таким образом, часто бывая в Пензе по делам службы, П. И. Паршин мог воочию наблюдать за ходом становления своего детища.

Организовать учебный процесс надлежащим образом, располагая лишь частью здания бывшего строительного техникума, не представлялось возможным. Поэтому, по распоряжению СНК СССР, Наркомминвооружению для размещения индустриального института было передано здание по ул. Красной, 22, где до этого размещался эвакогоспиталь № 2771. Исполняющим обязанности директора Одесского индустриального института был назначен Сергей Петрович Березко, занимавший до этого должность директора Пензенского строительного техникума.

Становление вуза происходило в крайне сложных условиях. Согласно приказа наркома П. И. Паршина, на старших курсах института необходимо было восстановить 200 студентов. Штат вуза предполагалось укомплектовать в основном преподавателями, ранее работавшими в Одесском индустриальном институте. Набор на 1-й курс в 1943 г. должен был составить 300 человек. Однако в Пензу из эвакуированного ОИИ прибыло всего 6 преподавателей и 78 студентов. Оборудования почти не было. Из-за отсутствия стульев в необходимом количестве занятия приходилось проводить в две смены. Но, несмотря на трудности военного лихолетья, с опозданием всего лишь на один месяц, 1 ноября 1943 г. вуз приступил к проведению занятий. Первую лекцию для студентов 1-го курса прочел заведующий кафедрой химии доцент Порфирий Михайлович Перовский. Среди первокурсников, присутствовавших на занятии, встречаем Е. Ф. Бежелукова, Е. А. Александрова, в будущем преподавателей института, Б. Р. Раца – в будущем директора проектного института «Пензгражданпроект».

Занятия начались на трех факультетах: механико-технологическом, точной механики, теплотехническом силами преподавателей 11 кафедр, большинство из которых было организовано в течение первого учебного года, по мере набора сотрудников и получения оборудования. В начале учебного года к работе в институте приступил 21 преподаватель, а уже к концу весеннего семестра 1944 г. педагогический коллектив вуза насчитывал уже 44 человека, из которых шесть человек имели ученую степень или звание. Первым доктором наук и первым профессором индустриального института стал В. А. Добровольский.

Первым начальником учебной части института, первым деканом строительного факультета, а затем и первым ректором выросшего из этого факультета Пензенского строительного института стал доцент Борис Петрович Иллюстров.

Весной 1944 г., опасаясь реэвакуации института в связи с освобождением Г. Одессы, местные власти при поддержке наркома минометного вооружения П. И. Паршина инициировали рассмотрение вопроса о сохранении индустриального института в Пензе. 25 апреля бюро обкома ВКП (б) принимает решение «О переименовании и строительстве Индустриального института в городе Пензе». Это решение было поддержано СНК СССР: 8 июня 1944 г., согласно распоряжению, подписанному зам. Председателя Совета народных Комиссаров СССР Л. П. Берии, в Пензе был организован Пензенский индустриальный институт.

Первый выпуск в индустриальном институте состоялся 2 октября 1947 г. В этом году народное хозяйство страны получило 40 специалистов. Первый диплом получила Лидия Михайловна Ризина, выпускница факультета точной механики, специальность «Приборы точной механики».

Вместе с тем тяжелые условия послевоенной разрухи не могли не сказаться на работе вуза. Демографические потери среди населения, резкое сокращение учащихся, заканчивавших среднюю школу, низкая материальная обеспеченность студенческой молодежи стали серьезным препятствием для эффективной работы вуза. Так, в 1945/1946 учебном году на первый курс института было зачислено всего 204 абитуриента, в два раза меньше установленного плана приема (450 человек). В тоже время в структуре института появился четвертый факультет: в 1947/1948 учебном году начинается подготовка специалистов на электротехническом факультете.

Медленно развивалась и материальная база института. Так, кафедра военной и физкультурной подготовки располагала четырьмя танками Т-43, которые размещались в малопригодных деревянных гаражах. С 1945 г. институт стал получать зарубежное оборудование, которое в годы войны поставлялось по союзническим обязательствам от Великобритании и США и теперь выводилось из производственного процесса. Парк станков и приборов в вузе пополнялся и за счет поступления оборудования из побежденной Германии. К своему пятилетнему юбилею институт получил новый учебный корпус: вузу было передано здание бывшей военной казармы на углу современных улиц Чкалова и Маршала Крылова общей площадью до 2000 кв. м. Здание, ставшее корпусом № 2, было возведено еще до первой мировой войны для размещения воинских частей. Рядом были построены помещения для содержания лошадей. После окончания Великой Отечественной войны военные власти передали помещения индустриальному институту. После окончания ремонта в нем разместились специальные кафедры факультета точной механики. В одноэтажных строениях были оборудованы квартиры для преподавателей вуза.

Сложности организационного периода не могли задержать формирование вуза как научного центра в регионе. Уже в 1946 г. научно-педагогический коллектив института вел научные исследования по 20 темам госбюджетного финансирования в размере 32 тысяч рублей. Преподаватели работали над докторскими (И. А. Класс, Б. М. Абрамов) и кандидатскими диссертациями (П. И. Калмыкова, Д. Г. Шумский, Т. А. Махнев, Н. Б. Соколов, И. С. Стариков). В научной работе института сложились направления, имевшие практический производственный интерес для промышленности области: борьба с коррозией (руководитель Н. Ф. Маргорин), теории резания (руководитель Б. М. Аскинази), производство строительных материалов из местного сырья (руководители Самохвалов и Темногрудов). В 1948 г. силами 22 преподавателей (из общего количества в 74 штатных работников и 10 совместителей) выполнялись 20 госбюджетных тем, а также одна хоздоговорная тема на сумму 6,3 тысячи рублей.

Первый выпуск педагогического института состоялся в 1945 г. Из 120 человек, поступивших на 1 курс в 1941 г. только 34 дошли до финиша. 16 ноября 1945 г. в Казанском университете состоялась защита кандидатской диссертации И. П. Егорова. Это была первая защита в истории института. В 1946 г. кандидатскую диссертацию защитила заведующая кафедрой истории СССР Н. П. Никольская по теме «Закон о земских начальниках». Материальная база вуза также оставляла желать много лучшего. Студенты и преподаватели ютились в двух небольших учебных корпусах: к бывшей учительской семинарии в 1945 г. добавилось помещение школы № 5 (по ул. Чкалова, 56), построенное еще в первой половине XIX в. В общей сложности, в 1951/1952 учебном году на 48 учебных групп дневного отделения приходилось 32 небольшие аудитории. Из 14 кафедр ни одна не имела своего помещения. На 1300 студентов, принятых на обучение в основном из районов области, имелось лишь неблагоустроенное общежитие на 85 мест. Количество дипломированных специалистов не превышало 30 %. Большинство преподавателей приехали в Пензу из других регионов.